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保冷管壳
名称:

保冷管壳

描述:为了提高蛋白质预测和实验数据之间的相互吻合度,PIR建立了一套系统,允许研究者们递交、分类、提取文献信息。

详细介绍

保冷管壳的功能

为了提高蛋白质预测和实验数据之间的相互吻合度,PIR建立了一套系统,允许研究者们递交、分类、提取文献信息。PIR提供了在超家族、域和模体水平上的对蛋白的分类。PIR同时提供了蛋白的结构和功能信息,并给出了与其他40个数据库之间的相互参考。PIR还提供了一个非冗余的蛋白质数据库,包括从PIR-PSD,SWISS-PROT,TrEMBL,GenPept,PDB收集来的约800,000条序列,对每条序列给出了一个符合的名称和相关文献。为了提高数据库的协同工作能力,PIR采用开发的数据库框架,利用XML技术进行数据发布。

除了蛋白质序列数据以外,PIR保冷管壳还包含以下信息:

(1)蛋白质名称、蛋白质的分类、蛋白质的来源;

(2)关于原始数据的参考文献;

(3)蛋白质功能和蛋白质的一般特征,包括基因表达、翻译后处理、活化等;

(4)序列中相关的位点、功能区域。

保冷管壳提供三种类型的检索服务:

(1)基于文本的交互式查询,用户通过关键字进行数据查询。

(2)标准的序列相似性搜索,包括BLAST、FASTA等。

(3)结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的   搜索,包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索等。

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